Правителството на премиера Бойко Борисов положи клетва на 27 юли 2009 година. За това време постовете си напуснаха девет министри, някои от тях поеха нови назначения, а други подадоха оставки.
Оставката на Симеон Дянков идва по-малко от месец, след като оставка подаде Сергей Игнатов, министър на образованието. Игнатов подаде оставка на 28 януари 2013 г.
През 2009 г. само месец след като Йорданка Фандъкова пое поста министър на образованието в правителството на Бойко Борисов, през септември 2009 година тя стана кандидат за кмет на София от ГЕРБ. На нейно място министър на образованието, младежта и науката стана Сергей Игнатов.
На 19 януари 2010 г. външният министър Румяна Желева подаде оставка, след като се провали на изпита за еврокомисар. Желева беше външен министър от 27 юли 2009 г. до 20 януари 2010 г. Борисов прие оставката й и като кандидат за еврокомисар, и като външен министър. На нейно място Министерство на външните работи пое Николай Младенов, дотогава министър на отбраната. Военен министър на негово място стана Аню Ангелов.
Първият здравен министър в кабинета на Бойко Борисов д-р Божидар Нанев подаде оставка на 30 март 2010 г. Поводът беше обвинение от Прокуратурата за сключени неизгодни сделки. Щетата от тях била за около 2,5 милиона лева. На негово място на 21 април 2010 г. беше назначена проф. Анна-Мария Борисова. Тя подаде оставка на 29 септември, след като на сайта на Здравно министерство беше публикуван проект за здравна реформа, който предвиждаше доплащане от страна на пациентите. Премиерът Борисов обяви, че Анна-Мария Борисова не е съгласувала проекта за здравна реформа и заради това трябва да си замине, а предвижданото 20 % доплащане в болничната помощ от Нова година няма да се осъществи. Здравният министър подаде оставка по време на заседание на Министерски съвет, след като часове по-рано беше обявила, че носи оставката си в папката. На нейно място от септември месец бе назначен д-р Стефан Константинов.
В средата на декември 2010 г. след скандала с досиетата на дипломатите, оставка подаде министърът без портфейл Божидар Димитров, чийто ресор са българите зад граница. Премиерът Бойко Борисов заяви, че е готов да се раздели с него, ако и президентът се съгласи да бъдат отзовани посланиците, за които Комисията по досиета оповести, че имат принадлежност към бившата ДС. На мястото на Димитров не бе назначаван никой, а ресорът на българите зад граница беше поет от вицепремиера и министър на финансите Симеон Дянков.
През 2011 година министърът на регионалното развитие и благоустройството Росен Плевнелиев стана кандидат за президент. На мястото на Плевнелиев стана министър заместничката му Лиляна Павлова.
На 15 март 2012 г. министрите на икономиката, енергетиката и туризма Трайчо Трайков и на здравеопазването д-р Стефан Константинов подадоха своите оставки. Молбите им за освобождаване от постовете бяха разгледани от Изпълнителната комисия на ПП ГЕРБ и бяха приети както от нея, така и от министър-председателя Бойко Борисов.
Д-р Стефан Константинов е третият министър на здравеопазването, който освобождава поста от началото на мандата на правителството на ГЕРБ. На негово място бе назначена Десислава Атанасова.
Премиерът Бойко Борисов предупреди министъра на икономиката, енергетиката и туризма Трайчо Трайков няколко пъти от началото на мандата. Едно от тези предупреждения беше свързано с проекта за втора атомна централа АЕЦ „Белене” и беше отправено през април 2011 г. Предупреждението беше свързано със скандала с обвързващата клауза за АЕЦ "Белене", подписана от шефа на НЕК. За втори път и това ще е последният път, за който на министър Трайков му правя подобна забележка – трети път няма да има, заяви премиерът по повод скандала тогава. Трайков напусна поста си през март 2012 година след скандала с проваления бизнес форум в Катар. Тогава министерството на Трайков и Външно министерство организираха бизнес форум, на който арабските бизнесмени не отидоха, поради ранния час и организационни неуредици. Впоследствие вината за лошо организирания форум беше хвърлена върху министерството на Трайков, а след напускането му във ведомството излязоха и други проблеми, свързани с периода, в който е пребивавал там. На негово място бе назначен Делян Добрев.
На 28 януари 2013 година оставка подаде министърът на образованието Сергей Игнатов. Игнатов си тръгна заради големия скандал във Фонд "Научни изследвания". Скандалът започна през ноември 2011 година, като дълго време Сергей Игнатов поддържаше старото ръководство на Фонда. На 28 януари премиерът Бойко Борисов направи среща с учените, недоволни от ситуацията от фонда, в отсъствието на Сергей Игнатов. На 30 януари на заседание на Министерски съвет за министър на образованието беше назначен академик Стефан Воденичаров, чиято кандидатура беше гласувана от парламента. Покрай скандала с Фонд "Научни изследвания", беше споменавано името и на Симеон Дянков, тъй като учени питаха - защо като вицепремиер и министър на финансите не е оказвал контрол.