Иван Шишков е роден на 14 септември 1963г. в София. Завършва образователна степен магистър по „Архитектура“ през 1990 във ВИАС София.
Арх. Шишков е работил като проектант в „Интерпроект“ и „Софпроект“. В периода 1992г.-2000г. е заемал длъжността на главен архитект на Община Драгоман, от 2002г. до 2008г. - главен архитект на Район „Банкя“ в Столичната община (СО), а от 2008г. до 2021г. е бил главен архитект на Район „Триадица“ – СО.
От 1996г. до 2006г. e член на Общински експертен съвет по устройство на територията. От 2007г. до 2015г. е експерт в Комисия по устройство на територията и жилищна политика към СОС.
По време на двете служебни правителства, назначени от президента Румен Радев през 2021 година, е съветник и заместник-министър в Министерството на регионалното развитие и благоустройството. Към днешна дата работи като архитект.