Атанас Пеканов е икономист в Австрийския институт за икономически изследвания (WIFO), във Виена, Австрия, и лектор във Виенския университет по икономика и бизнес (WU Wien). Преди това е работил в Европейската Централна Банка във Франкфурт, Германия. Завършил е бакалавърска степен по икономика във Виенския университет по икономика и бизнес и магистратура по икономическа политика в University College London.
 

В момента е докторант по икономика във Виенския университет по икономика и бизнес (WU Wien) с фокус върху темите парична и фискална политика. Член е на Съвета за икономическо и социално развитие към Президента на Република България.
 

Два пъти е избран за стипендиант на Българската Народна Банка (2015, 2019). През 2018 също е избран за стипендиант на Австрийската икономическа асоциация. Член на Инициативата за млади изследователи на Института за Ново икономическо мислене (Institute for New Economic Thinking).

С указ на президента Румен Радев от 12 май 2021 г. е назначен за служебен заместник министър-председател по управление на европейските средства в кабинета на Стефан Янев. На 16 септември е преназначен на същия пост във второ служебно правителство.  

На 2 август 2022 г. е назначен от президента за служебен заместник министър-председател по управление на европейските средства в кабинета на Гълъб Донев.