Хераклея Синтика е разположен на южния склон на Джонков връх, който е част от вулканичното възвишение Кожух.
В древността градът е бил център на областта Синтика, населявана от тракийското племе синти, за което споменават Омир, Херодот и Тукидид.
Над 1000 години Хераклея Синтика е най- важният град по средното течение на Струма. Омир е първият, който споменава синтите и тяхната връзка с Хефест, бога на металургията.
Повече от 100 години учените спорят къде е разположен този античен град. Дълго време се смята, че се е намирал на юг от Рупелското дефиле (в днешна Гърция). Хераклея Синтика е локализирана при село Рупите от доцент Георги Митрев, след случайното откриване на голям латински надпис през 2002 г., който превежда, коментира и публикува.
По времето на Филип II (359-336 г.пр.Хр.) Хераклея Синтика се превръща в една от македонските царски резиденции. Според историците самият Александър Македонски е бил управител на Хераклея Синтика за известно време. Оттук той започва първите си големи походи. През 168 г.пр.Хр. Хераклея Синтика е завладяна от римляните и като римско селище съществува до времето на император Юстиниан Велики. Градът е почти унищожена от силно земетресение през 388 година, след което постепенно запада и е напуснат от жителите си.
От 2007 г. започват археологически разкопки на Хераклея Синтика, под ръководството на доцент Людмил Вагалински. Учените са разкрили част от търговска улица в покрайнините на града, като разкопките и консервацията продължават всяка година. Вече посетителите могат да видят каменна улица с канализация, няколко работилници и магазини, един от които e за театрални маски. До момента в Хераклея Синтика не са правени никакви възстановки, а само е укрепено и консервирано. Всички находки, намерени при разкопките са изложени в историческия музей в Петрич.